Em 1934, quando seu nome era conhecido apenas na Argentina, tornou-se dono de uma pequena oficina mecânica em sua cidade natal, Balcarce, a 400 quilômetros de Buenos Aires. Era presidente honorário da Mercedes Benz argentina, da qual foi seu representante desde 1951 no país, e dono de uma concessionária de caminhões da mesma empresa. Amigo de vários presidentes argentinos, de Perón a Meném, Fangio recebeu ao longo de sua vida diversos convites para concorrer a cargos eletivos e recusou a todos. Em Balcarce está localizado o Museu do Automobilismo Juan Manuel Fangio. Inaugurado em 1986, o museu exibe 500 troféus e dez carros que o campeão usou ou ganhou em vinte anos de corridas.

Solteiro e sem herdeiros, seu sobrinho, com o mesmo nome, tornou-se piloto de Fórmula Indy, nos Estados Unidos. Fangio considerava três pilotos como fora de série: Nelson Piquet, Ayrton Senna e Alain Prost. Com respeito à morte de Senna, em 1994, afirmou: Ainda que já tenham se passado vários dias desde a morte de Ayrton Senna, e apesar de minha família ter evitado falar no assunto, não posso tirar da cabeça esse acidente que levou aquele que considerava o mais digno de meus sucessores como campeão mundial e o único capaz de superar meus recordes de cinco títulos. Juan Manuel Fangio faleceu aos 84 anos, em 17 de julho de 1995.